在医疗领域中隔离变压器系统的作用可以分为三点：
1. 隔离变压器系统因降低了接触电压和电网对地漏电流（有效控制直接漏电流），故人身触电危险被降到小程度众所周知，当用电设备对人体直接漏电大于10uA 时，会造成对病人的微电击事故。而在一般通用建筑中所采用的RCD、ELCB等对地漏电保护开关，其动作响应值是mA级（如：30 mA），远远不能满足医疗领域的需要。因此，国际上对医疗领域中的手术室、ICU、CCU等重要场所通常采用局部“中性点不接地的供电系统”（即“IT系统”或称“隔离电源系统”）供电。通过单相3KVA-10KVA的隔离变压器给这些场所供电，就防止了其它供电回路中的漏电流通过接地线窜入手术室、ICU、CCU的医疗电气设备上对病人的安全构成威胁；另外，一旦隔离电源上所接的负载（如各种医疗电气设备）出现对地故障，因对地不能构成回路，只能产生一个很小的容性漏电流，地保护了病人免遭漏电流的伤害。
2. 隔离变压器系统在电网负载端出现个绝缘故障点时，不会引起电源空开动作（跳闸），了供电的连续性。而如果在这些特殊场所局部采用IT配电系统时，因其电源中性点不接地，当负载端出现点相对地绝缘故障时，因其对地不能构成回路，只会产生一个很小的容性漏电流，对人体不会产生危害，同时也不会导致空开动作，从而了手术室供电的连接性。
3. 隔离变压器系统降低了对地漏电流，故提高了防火安全性。